Су-9 был спроектирован в 1946г. под трофейные немецкие двигатели ЮМО-004, которые устанавливались на первые реактивные самолеты в СССР. Изначально самолет проектировали под турбореактивные двигатели А.М.Люльки С-18 , разрабатываемые ещё до войны. Но процесс их доводки затянулся ,и в конце концов было выпущено постановление СНК СССР и приказ НКАП , в котором главного конструктора и директора завода №134 П.О.Сухого обязали: «Спроектировать и построить одноместный истребитель с двумя двигателями ЮМО-004. Самолёт построить в двух экземплярах и предъявить на лётные испытания 1 ноября 1946 г.».
Сборка первого экземпляра Су-9 завершилась 18 сентября 1946 г.
5 октября он был перевезен на аэродром ЛИИ для проведения заводских испытаний. Сначала летчик-испытатель института Г.М.Шиянов выполнял на нём рулежки и подлеты, а 13 ноября 1946 г. состоялся первый полет. В дальнейшем была достигнута скорость 847 км/ч у земли. Самолет создавался как истребитель-бомбардировщик и по внешнему виду напоминал Мессершмитт Ме-262. Их сходство и сейчас служит поводом для многочисленных споров специалистов и любителей авиации , однако сходные задачи и сходные материалы часто приводили к похожим решениям - история знает немало тому примеров , в частности можно вспомнить наш "Буран" и американский "Спейс шаттл".
Тем не менее Су-9 впервые воплотил в себе ряд новинок , которые ранее не применяли на наших самолетах :
• катапультируемое кресло;
• аэродинамические тормозные расщепляющиеся щитки;
• стартовые пороховые ускорители;
• тормозной парашют;
• гидроусилители в системе управления;
• возможность установки РЛС;
• бомбовое вооружение.
Правда , при подвеске бомбы надо было снимать одну из пушек.
Заводские испытания подтвердили лётные характеристики, заданные постановлением правительства. 3 августа 1947 г. Су-9 , был показан в числе образцов новой техники во время воздушного парада в Тушино. 18 августа 1947 г. Су-9 передали в ГК НИИ ВВС для проведения Государственных испытаний.